自治区通过加大公益性投入推进畜禽良种化的进程。一是启动良种繁育及品种改良示范县建设工程，提高畜禽良种繁育能力。2002年起自治区每年投入1000万元，建设完成了63个品种改良示范县、15个重点种畜禽场扩建工程。二是实施良种公畜补贴政策。目前，已累计采购补助种公畜4500多头（只）。三是分级补助良种母牛引进，荷斯坦奶牛平均单产达到了3500公斤，较2001年提高了500多公斤。四是启动冷链体系建设工程，不断满足品种改良需要。据统计，6年来，自治区“以良换土，以优换劣”战略取得较大进展，全区牛的良种率达到了59%，较2001年提高了5.9个百分点；绵羊良种率达到了67%，较2001年提高了6.1个百分点。

自治区草原生态保护建设成效显著。一是大力实施国家天然草原保护、草地围栏、牧草种子基地建设、退牧还草等草地生态工程。据农业部监测，新疆退牧还草工程区天然草地植被平均盖度提高了5个百分点以上，平均地上生物量提高了10~20%以上。二是抓紧草地生态改良和草原畜牧业配套服务设施建设。2004年以来共有9个地州、24个县实施了世界银行畜牧业综合发展项目，项目报账总额达27322万元。三是扎实做好草原虫鼠害防治和草原防火工作。目前，年虫鼠害综合防治面积均在3000万亩左右，年建设边境草原防火隔离带1200多公里。